Visualisierung von bakteriellen Genomen
Autoren: Daniel Koitzsch, Christian Becker, März - September 2004
Unsere Aufgabe
Die Aufgabe des SEPs bestand darin, das bereits vorhandene Programm ARB, welches bereits Genome darstellen konnte, zu erweitern. Die schlichte, vorhandene Darstellung der Genome wurde von uns durch eine hardware-unterstützende OpenGL-Version ersetzt. Zudem haben wir verschiedene Fragment-Programme geschrieben um die Visualisierung zu verbessern.
Was sind Genome?
Ein Genom bezeichnet die Gesamtheit der Erbanlagen eines Lebewesens. Die Informationen, die für die Vererbung von Eigenschaften erforderlich sind, sind in den Desoxyribonukleinsäuren (DNS) enthalten. Ein Gen ist ein aminosäurecodierender DNS Abschnitt. Die Visualisierung stellt die einzelnen Gene des Genoms da.
Die alte Darstellung
In der alten Darstellung gab es drei verschiedene Sichten auf das Genom. Die einzelnen Gene konnten im Kreis, untereinander oder in einer speziellen "Book"-Darstellung betrachtet werden. Die Striche konnten je nach Eigenschaften der Gene eingefärbt und bezeichnet werden.
Die verbesserte Darstellung
Wichtig war hier dass die alte Funktionalität beibehalten wird, deshalb haben wir zunächst diese drei Darstellungsarten nachgebaut. Als nächstes haben wir die Maus stärker in die Bedienung eingebaut, damit man das Genom handlicher anzoomen und bewegen kann.
Hier eine Übersicht über die erweiterten Visualisierungsmöglichkeiten:
- Linesmooth
- verschiedene Farbkodierungen
- 3-dimensionales Drehen möglich
- Leserichtung eines Genes kann beachtet werden
- Darstellen der Baseninformationen auf einem Gene durch Texturen
- On-Screen Hilfeanzeige
Fragment-Programme
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